标识上方文字“中国科学院海洋研究所”选摘自中国科学院第一任院长郭沫若的手书体，澳门海立方公司网站：中间的“IOCAS”字母组合是研究所的英文缩写（Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences），中间类似半圆形图案代表地球，寓意重点研究领域隶属地球科学研究；也可代表太阳，寓意海洋研究所的未来发展将如冉冉旭日，海洋所人精诚团结、踏实敬业,开拓创新、和谐共进，研究所的明天会和谐、科学和可持续发展。左下方的交叉曲线代表了浩瀚的海洋,下方的数字1950年表明研究所创建时间是1950年.整体色彩以蓝色为主，显现海纳百川，千流所归的博大浩瀚。

    整体设计稳重、大方、和谐，体现海洋所坚持面向国家对海洋资源可持续利用和海洋生态环境可持续发展的战略需求，坚持面向国际海洋科学前沿，以把研究所建成具有国际一流水平的海洋科学研究基地、高层次海洋科技优秀人才的培养基地和促进我国海洋高新技术发展的基地为目标。